在该遗址的宫殿区，考古工作者发掘出一组有多重院落的大型夯土建筑基址，它至少由三进院落组成，总面积超过了2100平方米。这座被编为5号基址的大型建筑，与数年前发掘的3号基址东西并列，是迄今所知保存最为完好的二里头文化早期大型宫室建筑。
中国社会科学院考古研究所夏商周考古研究室主任、二里头工作队队长许宏介绍说，像这样多重院落的布局，在东亚地区前无古人，也与其后二里头文化晚期至殷墟时代以单体“四合院”为主的建筑格局不同。这两座大型院落基址的发现，把西周及以后中国古代宫室建筑主流模式的源头上溯到了二里头文化早期。
位于河南省偃师市的二里头遗址，是探索夏文化和夏商王朝分界的关键性遗址。在过去的30多年中，中国社会科学院考古研究所对其进行了60余次考古发掘，发现迄今所知中国最早的大型宫殿建筑群、最早的宫城、最早的城市道路网、最早的车辙痕迹、最早的青铜礼器群及铸铜作坊，该遗址也因此成为探索华夏文明和国家的形成、夏文化和夏商王朝分界的关键性都城遗址。